Для того что бы сделать Вайп на своём сервере Вам нужно остановить сервер, обязательно дождаться его полной остановки. Далее зайти через FTP данным способом. Перейти в папку: /ShooterGame/Saved/SavedArks и удалить всё её содержимое. После удаления запустите сервер, обратите внимание что сервер может запускаться чуть дольше обычного после Вайпа это нормально.